Klinik E.coli İzolatlarında Virülans Faktör Genlerinin ve Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamazların Araştırılması

Abstract

Bu çalışmanın amacı, 83 klinik E.coli izolatında pap, hly, cnf, sfa, aer ve afa virulans genlerinin ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz direnç genlerinin varlığını araştırmaktır. Antibiyotik duyarlılık testi için 17 farklı antibiyotik kullanılmıştır. 83 E. coli izolatında sfa, pap, hly, cnf, aer ve afa virülans genleri ve TEM, SHV, CTX-M1 ve CTX-M9 genişlemiş spektrumlu beta laktamaz genleri polimer zincir reaksiyon (PZR) metodu ile araştırılmıştır. 83 izolatın, sefiksim, trimethoprim/sulfametaksazol, piperasilin/tazobaktam, amoksisilin/klavulanik asit, ampisilin, seftriakson, sefuroksim, sefuroksim aksetil, siprofloksasin, fosfomisin, gentamisin ve seftazidime karşı direnç oranları sırasıyla; %65, %54, %19, %38, %74, %75, %72, %75, %68, %2, %30, %49 olarak belirlenmiştir. CTX-M1, araştırılan genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) genleri arasında 83 suşun 51’inde belirlenmesiyle en sık görülen GSBL olmuştur. TEM tipi beta laktamaz 33 suşta, CTX-M9 ve SHV 1 izolatta tespit edilmiştir. İzolatlarda en yaygın virülans geni, 40 suşta tespit edilmesiyle aer geni, bunu izolatların 15’inde tespit edilen cnf geni takip etmiştir. Sfa, pap, afa ve hly virulans genleri sırasıyla izolatların %15.6’sında, %15.6’sında, %9.6’sında ve %12.04’ünde görülmüştür. Ayrıca 83 E.coli izolatında on farklı virulans faktör gen paterni tespit edilmiştir. Virulans gen kombinasyonları, 27 suşta aer, 6 suşta cnf-sfa-pap, 1 suşta aer-pap, 2 suşta aer-afa, 6 suşta afa, 3 suşta sfa, 9 suşta aer-cnf-hly, 4 suşta sfa-pap, 1 suşta hly-pap ve 1 suşta pap olarak gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, İYE ile ilişkili bakteriyel patojenitenin araştırılması daha iyi bir tıbbi müdahaleye katkı sağlayacaktır.

The aim of this study was to investigate the presence of pap, hly, cnf, sfa, aer and afa virulence factor genes and extended-spectrum beta lactamase resistance genes in 83 clinical E.coli isolates. 17 different antibiotics were used for antibiotic susceptibility testing. In 83 E. coli isolates, sfa, pap, hly, cnf, aer and afa virulence genes and TEM-SHV, CTX-M1 and CTX-M9 extended spectrum beta-lactamase genes were investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. Resistance rates of 83 isolates to cefixim, trimethoprim/sulfamethoxazole, piperacillin/tazobactam, amoxicillin/clavulanic acid, ampicillin, ceftriaxone, cefuroxime, cefuroxime axetil, ciprofloxacin, fosfomycin, gentamicin and ceftazidime antibiotics were 65%, 54%, 19%, 38%, 74%, 75%, 72%, 75%, 68%, 2%, 30%, 49%, respectively. CTX-M1 was the most common extended spectrum beta-lactamase (ESBL) among the ESBL genes investigated in 51 of 83 strains. TEM type beta-lactamase was detected in 33 strains, CTX-M9 and SHV in 1 isolates. The most common virulence gene was aer gene and detected in 40 strains, followed by the cnf gene detected in 15 of the isolates. The pap, hly, afa and sfa genes were determined in 15.6%, 12.04%, 9.6% and 15.6% of the isolates, respectively. In addition, 10 different virulence factor gene patterns were observed in 83 E.coli isolates. Virulence gene combinations were observed as aer (27/83), cnf-sfa-pap (6/83), aer-pap (1/83), aer-afa (2/83), afa (6/83), sfa (3/83), aer-cnf-hly (9/83), sfa-pap (4/83), hly-pap (1/83) and pap (1/83). In conclusion, investigating bacterial pathogenicity associated with UTI will contribute to better medical intervention.